เนื้อเรื่องเกมส์ Batman: Arkham Knight กล่าวถึงเหตุการณ์หลังจากเกมส์ภาค Arkham City เมื่อแบทแมนต้องตกอยู่ในอันตรายห้อมล้อมวายร้ายตัวเป้ง นำโดย เจ้ามนุษย์ฟาง สแกร์โครว ทำการจู่โจมเมืองก็อตแธมจนกลายอัมพาต ผู้คนในเมืองต่างรู้สึกไม่ปลอดภัยกับเหตุการณ์ครั้งนี้ อีกทั้งเหล่าวายร้ายขาประจำอย่าง เพนกวิน  มนุษย์สองหน้า และ ฮาร์เลย์ ควิน ถือโอกาสรวมตัวเฉพาะกิจด้วยการกำจัดแบทแมนเสียอีก ทำให้เขาและผู้การฯกอร์ดอน พร้อมกองทัพตำรวจ ร่วมกันปราบพวกวายร้ายก่อนที่จะยึดครองเมืองก็อตแธมจนกลายกลียุคไปมากกว่านี้